Zemlje Zapadnog Balkana predložile su 2011. godine mali broj područja za uključivanje u evropsku Emerald mrežu zaštićenih područja. Ipak, mnoge reke u regionu su i dalje nezaštićene – novi predlog usmeren je ka ispravljanju tog propusta.

Balkan je globalno žarište biološke raznovrsnosti, posebno kada je reč o slatkovodnim vrstama i staništima. Planinski lanci, reke, jezera i obala predstavljaju dom brojnim ugroženim vrstama i važna su staništa za mnogobrojne endemske vrste koje ne žive nigde drugde.